Defensa Tesis Licenciatura Marta Ponzoni

• Título: "Construcción de un clasificador de polipéptidos multi-criterio"
• Alumno: Marta Ponzoni
• Director: Dr. Pablo E. Martínez López (UNQ)
• Codirector: Dr. Daniel Ghiringhelli (UNQ)
• Resumen

Los baculovirus son virus eucarióticos que atacan específicamente a ciertas especies de artrópodos. Por este motivo, resultan ser excelentes candidatos para ser usados como bioinsecticidas específicos, ya que se ha demostrado que no afectan a organismos distintos del blanco, siendo inocuos para plantas, vertebrados e invertebrados no blanco. A pesar de esta ventaja, en comparación con los insecticidas de origen químico, cuentan con una limitación importante: su lento modo de acción. Por ello, los baculovirus se han mejorado genéticamente para aumentar su poder infectivo.

Existen proteínas muy importantes en el proceso de infección de las células del huésped, como la IE-1, la GP64 o la P74, cuyas funciones han sido ampliamente estudiadas. Pero más importante aún es la inmensa gama de proteínas que todavía se desconocen. Y es éste uno de nuestros motores. Dado que la certificación de la existencia de una proteína mediante experimentación en mesada húmeda es sumamente costosa en términos de tiempo y dinero, en este trabajo buscaremos ayudar en el proceso de selección de polipéptidos candidatos mediante métodos computacionales.

Como herramienta para conseguir el objetivo propuesto usaremos una implementación de máquina de vectores de soporte (support vector machine, SVM). Basándonos en criterios composicionales, como la frecuencia o la periodicidad de los aminoácidos dentro del polipéptido, construiremos vectores con los cuales entrenaremos y testearemos el desempeño de la SVM. Probaremos diversos criterios, kernels y conjuntos de datos de entrenamiento y seleccionaremos las combinaciones que logren una mejor clasificación de los polipéptidos, para así finalmente conformar un clasificador multi-criterio que pueda ser utilizado en la selección de los polipéptidos más prometedores.

El clasificador tendrá amplios fines prácticos. En el caso de proteomas ya anotados, se empleará para detectar polipéptidos mal anotados (por ejemplo, para encontrar posibles proteínas funcionales que fueron equivocadamente excluidas en la anotación) y para seleccionar aquellos polipéptidos anotados que tengan mayor probabilidad de ser proteínas funcionales para darles prioridad al momento de realizar los experimentos de mesada húmeda. En el caso de genomas novedosos, secuenciados posteriormente a la finalización de este trabajo, el clasificador será una herramienta fundamental para poder definir rápidamente la fracción anotable dentro del proteoma teórico completo. De esta manera, aún cuando no descartamos el uso de otras metodologías confirmatorias, se agilizará significativamente el proceso de anotación.